根管治療的目的是要移除受感染的牙髓並再加以適當的充填, 在治療期間, 操作時可能會刺激牙根尖周圍組織引發脹痛等不適, 尤其是治療前已有急性疼痛或根尖病變之患齒更易發生, 但即使有如此症狀產生, 醫師仍可透過沖洗換藥或以藥物處理消除疼痛。